1)商标刑事法律保护与商标行政执法衔接
为完善商标权行政保护与刑事司法保护的衔接工作机制，加大对商标侵权犯罪的打击力度，完善行政违法查处向刑事司法的移送，2006年最高人民法院、公安部、监察部等联合下发了《关于在行政执法中及时移送涉嫌犯罪案件的意见》。《意见》出台以后，因商标侵权被追究刑事责任的案件显著增加，对保护商标专用权制度起到了积极作用。
2)商标刑事法律保护与民事法律保护的衔接
商标侵权犯罪是典型的刑民交叉案件，从侵权客体来看，商标侵权犯罪侵犯的是私权，同时又侵犯社会主义市场经济秩序，商标侵权行为既可能是普通民事侵权行为，又可能构成犯罪。如《商标法》规定:未经商标注册人许可，在同一种商品上使用与注册商标相同的商标，属于商标侵权，《刑法》同时规定未经注册商标所有人许可，在同一种商品上使用与其注册商标相同的商标，情节严重的，处三年以下有期徒刑或者拘役,并处或者单处罚金。
商标侵权案件刑民交叉的属性源于法规竞合，同一行为触犯多部法规，案件的最终定性要取决于商标侵权违法行为的情节严重程度。而正是由于商标侵权行为侵犯复杂客体的属性，就出现了两个问题:
一是先刑后民还是先民后刑的问题，即在商标民事侵权案件中，司法机关发现该商标侵权行为已经构成犯罪的，是否应该主动终结民事诉讼程序，转为刑事诉讼程序?如何使用诉讼程序?
二是自诉和公诉的问题，即在上述事实中，如果需要转为刑事诉讼程序，那么是由被害人启动自诉程序，还是由检察机关启动公诉程序?转至刑事诉讼.程序后，民事侵权损害赔偿如何处理?
针对以上问题，目前较多采用的方法是依据《刑事诉讼法》的规定“被害人由于被告人的犯罪行为而遭受物质损失的，在刑事诉讼过程中，有权提起附带民事诉讼”，将商标侵权民事案件转为刑事附带民事诉讼案件。
从诉讼理论上来讲，刑事诉讼和民事诉讼是性质截然不同的两种诉讼，其目的、诉讼程序、诉讼原则都有较大差别，简单的将商标侵权民事案件转化为刑事附带民事诉讼案件缺乏理论依据。况且商标侵权行为本质上是侵犯的商标专用权这项私权,针对私权的救济，一般不应由公权力直接主动介人，民事权利主体有权处分该项民事权利。
但商标侵权行为同时又侵犯社会主义市场经济秩序，甚至侵犯到了公共利益，而侵犯国家利益和公共利益的行为，要求应当由公权力直接介人而予以保障。企无形认为，分析商标侵权民事诉讼与刑事诉讼衔接的问题，应当以法律关系为基础，如果商标侵权行为已经严重到扰乱了市场秩序，威胁到公共利益，那么该商标侵权民事诉讼应当由侦查机关依法予以侦查，公诉机关依法提起公诉，商标权人可针对这-侵权行为另行提起民事诉讼;
如果商标侵权行为虽然按照我国《刑法》的规定已经构成犯罪，但未达到扰乱经济秩序、威胁公共利益的程度，当事人提起民事诉讼，依照自诉案件不告不理原则，人民法院不应依职权转为刑事诉讼程序，应继续审理该民事案件，如果当事人提起刑事自诉，那么可以作刑事附带民事诉讼案件处理。
值得一提的是， 针对以上问题，有学者提出建立民事附带刑事诉讼机制，以商标民事诉讼为主，刑事追诉为辅，并给出了完善的理论依据和初步的程序设计，其实这样的做法也并非没有道理，但无论采取哪种模式，都仍须完善立法予以确认。
